توسعه همکاری‌های استراتژیک با نهادهای بالادستی و صنایع بزرگ و فعال در زیست‌بوم علم‌وفناوری کشور یکی از راهبردهای اصولی کوثر است.
معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری از جمله حامیان و پشتیبانان مرکز نوآوری و تعالی کوثر است. تفاهم‌نامه حمایت از تیم‌های فناور در حال شتابدهی توسط زیرمجموعه‌های کوثر، نمونه‌ای از این حمایت‌ها است.
مرکز نوآوری و تعالی کوثر در دانشگاه تهران مستقر بوده و با پشتیبانی‌های مادی و معنوی این دانشگاه به فعالیت می‌پردازد.
برگزاری دوره‌های توانمندسازی نیروی انسانی و تشکیل تیم‌های فناور حول مسائل این معاونت، بخشی از همکاری‌های کوثر با معاونت تحقیقات صنعتی سپاه است.
برگزاری رویدادهای ترویجی حول موضوعات مورد علاقه مرکز تحقیق و توسعه همراه اول در همکاری با آکادمی همراه اول، نمونه‌ای از همکاری‌های صورت گرفته است.
برگزاری دوره اول رویداد صدف، با هدف توانمندسازی دانشجویان در حوزه‌ی مهارت‌های نرم، از جمله همکاری‌های صورت گرفته میان کوثر و پارک علم‌وفناوری پردیس است.
تجربه‌نگاری ائمه موفق مساجد، توسط مؤسسه تاریخ شفاهی روایت از جمله همکاری‌های صورت گرفته میان مرکز نوآوری تعالی کوثر و سازمان تبلیغات اسلامی است.
حمایت از هسته ها و تیم‌های فناور شکل‌گرفته در مرکز نوآوری و تعالی کوثر محور شکل‌گیری همکاری‌های مشترک میان کوثر و معاونت پژوهش و فناوری سازمان بسیج دانشجویی است.
تشکیل تیم‌های سیاست‌پژوهی و تیم‌های فعال در حوزه‌های جدید فناوری، با همکاری و هدایت محتوایی این مرکز صورت می‌پذیرد.
مرکز نوآوری و تعالی کوثر از اعضای شبکه فناوران پارک علم‌وفناوری دانشگاه تهران می‌باشد و تأسیس مرکز رشد شهید فخری‌زاده نمونه‌ای از این همکاری‌ها است.
محور اصلی همکاری کوثر با مجموعه‌ی سپند وزارت دفاع، انجام پروژههای پژوهشی مشترک با تمرکز به نوآوری در حوزه‌های دفاعی کشور است.
تشکیل هسته‌های پژوهشی حول مسائل مورد علاقه مرکز پژوهش‌های مجلس که انتشار کتاب راهنمای مفاهیم اقتصادی در سال 98 نمونه‌ای از ثمرات این همکاری است.
برگزاری دوره کارآموزی برای استعدادهای برتر تحت حمایت بنیاد نخبگان، محور همکاری مرکز نوآوری و تعالی کوثر با این بنیاد بوده است.
همکاری کوثر با خانه اندیشه ورزان از سال ۹۸ شروع شد. چاپ و نشر پنج کتاب از محصولات اندیشکده های برتر کشور و پروژه «شناسایی ظرفیت‌های اندیشه ورزان دانشگاه تهران» نتایج این همکاری هستند.